Dalam pengembangannya, struktur-struktur organisasi sering diterapkan pada suatu institusi, misalnya Institusi Pendidikan. Struktur organisasi memegang kendali bagi laju perkembangan dan pola pikir institusi tersebut. Namun penerapan struktur organisasi pada institusi pendidikan haruslah dipertimbangkan dengan matang agar proses belajar mengajar dapat berjalan dengan lancar. Contohnya pada suatu Universitas dimana adanya hubungan antara pengajar dengan mahasiswa dimulai dari konteks yang lebih kecil (kelas) sampai yang besar (fakultas, jurusan), bila terjadi terjadi kesalahan penerapan struktur organisasi, maka akan timbul keburukan- keburukan, diantaranya:
a. Organisasi lini
Pada struktur organisasi ini yang mana sistem komando berasal dari pimpinan (pengajar) kepada bawahan (mahasiswa) mempunyai beberapa kekurangan, yaitu:

1. Seorang pengajar akan bersikap otoriter kepada mahasiswa sehingga usulan-usulan di luar pemikirannya akan di pandang sebelah mata.
2. perkembangan kreatifitas mahasiswa akan terhambat karena mereka hanya terpaku pada materi/ tugas yang diberikan oleh pengajar.
3. mahasiswa biasanya kurang disiplin karena kurangnya perhatian dari pengajar.
4. mahasiswa memiliki ketergantungan pada pengajar.
b. Organisasi lini dan staff

Pada organisasi ini pelimpahan wewenang berlangsung secara vertikal dan sepenuhnya dari pucuk pimpinan (pengajar) ke kepala bagian dibawahnya (asisten pengajar). Adapun kekurangannya adalah sebagai berikut :

1. Hubungan antara pengajar tidak langsung terjalin dengan mahasiswa karena proses belajar mengajar diwakilkan oleh asisten pengajar
2. Proses pemberian tugas sulit dipahami karena struktur hirarkinya makin berliku-liku. Contohnya pengajar memberikan tugas melalui asisten pengajar, kemudian asisten pengajar memberikan kepada ketua kelas, barulah tugas sampai pada mahasiswa.

c. Organisasi Fungsional
Kekuasaan pimpinan pada organisasi ini dilimpahkan kepada para pejabatyang memimpin satuan dibawahnya dalam satuan bidang pekerjaan tertentu. Contohnya pada suatu Universitas, seorang pimpinan akan melimpahkan kekuasaannya kepada tenaga pengajar untuk memberi pengajaran kepada mahasiswa sesuai dengan jurusan yang telah di pilih. Adapun kekurangan pada struktur organisasi ini adalah:

1. Mahasiswa akan kesulitan mengerjakan tugas yang diberikan oleh beberapa orang pengajar.
2. mahasiswa tidak dapat mencoba hal baru karena telah ditentukan system pembelajarannya dalam suatu jurusan/ fakultas.
3. mahasiswa cenderung bingung karena mendapat tugas dari beberapa orang pengajar.

Dari pembahasan diatas, sudah seharusnya lah sebuah ketelitian menjadi modal utama dalam penerapan suatu struktur organisasi, agar individu yang terkait dapat menjalin hubungan yang saling berkesinambungan antara satu dengan yang lain, baik pemimpin maupun bawahannya. Hal ini dilakukan guna perkembangan organisasi tersebut.